Инициатива создания ЦСН в 1998 году принадлежала Владимиру Путину, занимавшему тогда пост директора ФСБ. Новая структура консолидировала в единый оперативный кулак разрозненные спецподразделения органов безопасности.
На решение повлияла растущая угроза международного терроризма и экстремизма. Страна переживала сложный период, когда против Российской Федерации была развязана настоящая террористическая война. Образование ЦСН дало возможность объединить усилия спецназа при проведении операций по пресечению терактов.
Изначально в состав центра вошли управление «А» («Альфа») и управление «В» («Вымпел»). В дальнейшем к ним прибавились другие структуры.
Сегодня бойцы продолжают выполнять задачи по пресечению терактов на транспорте и объектах критической инфраструктуры, ведут разведку в горно-лесистой местности для ликвидации бандгрупп и обеспечивают безопасность крупных общественно-политических мероприятий.
Подразделение оснащено по последнему слову техники: на вооружении состоят бронированные автомобили, беспилотные летательные аппараты, боевые роботы, высокоточное снайперское оружие и современные системы связи и навигации.
Вклад сотрудников ЦСН отмечен на государственном уровне: более двух тысяч из них награждены орденами и медалями, несколько десятков военнослужащих удостоены звания Героя России, более 12 из них — посмертно.