До революции Прокопюк успел отучиться в церковно-приходской школе и окончить мужскую гимназию. С 13 лет работал в полях, а в 16 пошел на завод, попал в вооруженную бригаду рабочих, оборонял предприятие до прихода красных, а позже участвовал в боях против белополяков.
В 1921 году Николая, как опытного бойца, направляют на работу в органы госбезопасности. Он становится сотрудником Шепетовского окружного отделения ГПУ, принимает непосредственное участие в уничтожении диверсионно-террористических банд на территории Украины.
С 1935 года Прокопюк — сотрудник советской внешней разведки. В 1937–1938 годах он принимал активное участие в борьбе против фашистского режима в Испании, за что был награждён орденом Красного Знамени.
В годы Великой Отечественной войны он находился в тылу немецких оккупантов, был командиром разведывательно-диверсионного отряда НКВД «Охотники», действовавшего вначале в западных районах Киевской области, а затем в Цуманьских лесах. Его отряд провёл более двадцати боёв с антипартизанскими силами.
Его отряд активно защищал польское население на Волыни от атак УПА. Он, в частности помог выстоять отрядам самообороны в Пшебраже, тем самым спасая многих поляков от смерти из рук украинских националистов.
Разведчик был награждён двумя орденами Ленина, тремя орденами Красного Знамени, орденом Отечественной войны 1-й степени и многими медалями, а также восемью иностранными орденами.
После войны Прокопюк несколько лет возглавлял один из отделов Советской военной администрации в Германии. В 1950 году в звании полковника вышел в запас по болезни. До конца своих дней активно занимался общественной деятельностью.