Баку и Северный Кавказ были основным источником нефти для всей экономики СССР. После потери Украины резко выросло значение Кавказа и Кубани как источника зерна. Здесь же находились запасы стратегического сырья. Потеря Кавказа могла бы оказать заметное влияние на общий ход войны против СССР, поэтому Гитлер выбрал именно это направление в качестве основного.
Советским контрразведчикам приходилось бороться не только с немецкими диверсантами, но и с малочисленными группами казаков и чеченскими бандами, перешедшими на сторону противника. Абвер специально готовил отдельные диверсионные группы из военнопленных родом из данного региона.
НКВД организовал истребительные батальоны по борьбе с парашютными десантами, в состав которых входили проверенные коммунисты, комсомольцы, советские активисты, способные владеть оружием. После мобилизации 1941 года состав данных формирований сильно поредел, поэтому потребовался отдельный указ об усилении борьбы с засланцами.
Комитет Обороны вновь постановил организовать истребительные батальоны в следующих районах: Садонском — в составе 150 человек, Алагирском — 150, Ардонском — 100, Дигорском — 150, Ирафском — 150, Кировском — 100, Правобережном — 150, Орджоникидзевском — 60, Гизельдонском — 60, Дарг-Кохском — 100 человек. Народному Комиссариату Внутренних дел СОАССР и Орджоникидзевскому горкому партии было поручено в течение пяти дней сформировать городской истребительный батальон в количестве 300 человек.
К борьбе с диверсантами привлекались также женщины и подростки.
За май-июнь 1942 года силами истребительных батальонов было ликвидировано около 50 человек, заброшенных в советский тыл. Уже зимой 1943-го число арестованных и убитых диверсантов возросло до 157 в одной только Кабардино-Балкарии. В последующем руководство НКВД высоко оценило действия истребительных батальонов, сообщив, что ими было обезврежено до 90% элементов, работающих на победу противника.
Группа армий «А» не достигла больших успехов на Кавказе. После начала боев под Сталинградом большая часть сил была переброшена к городу на Волге.