Чрезвычайные комиссии должны были бороться с контрреволюцией и спекуляцией, злоупотреблениями красных чиновников и строго следить за соблюдением цензуры в печати.
Чекисты оседлали разгорающийся красный террор, усилив волну репрессий, продолжавшуюся до 1922 года. Официально террор был закреплен в документах через полгода после учреждения комиссий по борьбе с контрреволюцией. Данная политика была направлена на принуждение населения к участию в гражданской войне на стороне большевиков и упразднению классов, признанных врагами пролетариата.
Контрреволюционная борьба обрела массовый характер, как в Москве и Петрограде, так и на подконтрольных территориях. Так например, 14 января 1918 года на станции Тула расстреляна группа мастеровых и железнодорожников, протестовавшая против убийства большевиком Кожариным двух работников железной дороги.
Резонанс получил эпизод, произошедший после штурма Киева красными войсками в конце января 1918 года. Тогда большевики убили согласно разных оценок от двух до пяти тысяч офицеров, генералов, сторонников Украинской народной республики и других горожан, которых большевики считали врагами. При штурме были использованы отравляющие газы, казни осуществлялись как с помощью личного стрелкового оружия, так и с использованием пулеметов.
Известны также и расстрелы антибольшевистских демонстраций в Екатеринбурге, Москве, Ярославле, Рыбинске, Муроме и других городах. Одной из самых крупных акций красного террора был расстрел Петрограде в 512 бывших сановников, министров и профессоров.
Очевидцы отмечают, что репрессии сопровождались жестокостью, а именно: распятие, побивание камнями, содержание людей в подвалах без доступа кислорода или в холодных погребах.
Уже 17 сентября 1918 Дзержинский предлагает местным ЧК «ускорить и закончить, то есть ликвидировать, нерешённые дела».
Согласно приблизительным оценкам, всего по приговорам революционных трибуналов и внесудебных заседаний ЧК в 1917–1922 годах было расстреляно 140 тысяч человек.
23 января 1922 года Политбюро приняло постановление о реорганизации ВЧК в Государственное политическое управление при Наркомате внутренних дел.
Позже сами члены чрезвычайных комиссий стали жертвами сталинских чисток. Сталин продолжил традицию проведения репрессий, но применил их и по отношению к самим сотрудникам репрессивных органов. В результате были расстреляны, в частности, бывшие руководящие сотрудники ВЧК, названные «соратниками Дзержинского».
Отметим, что параллельно с красным террором развивался белый террор, не отличавшийся ни выбором методов, ни милосердием по отношению к жертвам, ни числом убитых бывших граждан Российской империи.